Metodologia e Base Scientifica

La maggior parte dei tratti di salute non dipende da un singolo gene, ma da centinaia di piccole variazioni (SNP) distribuite nel genoma. Usiamo il Catalogo GWAS (studi di associazione sull'intero genoma) per individuare quali di queste varianti sono nel tuo file e, per ciascuna, mostriamo il tratto misurato dallo studio e l'effetto che ha pubblicato — un odds ratio o un beta — con significatività a livello di genoma (p < 5×10⁻⁸). Non sommiamo questi effetti in un punteggio complessivo. Il nostro audit ha rilevato che più della metà dell'effetto combinato di una categoria proveniva da studi su qualcosa di diverso dalla malattia che le dà il nome, e che i beta venivano sommati fra unità non confrontabili: l'aggregato non misurava ciò che la sua etichetta diceva.

Analizziamo varianti genetiche note per influenzare il metabolismo dei farmaci. Basiamo le nostre annotazioni su PharmGKB, una base di conoscenza curata da esperti che classifica l'evidenza clinica (Livelli 1A, 1B, 2A, ecc.) su come il tuo genotipo può influenzare l'efficacia o la tossicità di certi farmaci.

ClinVar è un archivio pubblico: laboratori e ricercatori inviano le proprie interpretazioni e ClinVar le aggrega. Questo referto usa classificazioni GERMINALI. Quando la fonte fornisce affermazioni specifiche per condizione (RCV), ogni classificazione è attribuita alla propria condizione; quando fornisce solo un aggregato a livello di variante, il referto lo identifica come tale e presenta separatamente i nomi correlati. Una classificazione discordante, se mostrata, viene indicata come discordante. Non è una diagnosi: confermarla richiede un test genetico di conferma in ambito clinico, e i dati da chip di DNA non lo sono.