Équipe DNA Info Lab · Révision éditoriale · 24 août 2026 · 11 min de lecture

APOE rs429358 et rs7412 : ε2, ε3 et ε4 expliqués

La réponse courte

Votre type APOE n'est pas une variante mais deux, lues ensemble : rs429358 et rs7412. Chaque chromosome porte une combinaison, et la paire est ce qu'on appelle ε2, ε3 ou ε4. Dans la méta-analyse de référence, portant sur 5 930 cas et 8 607 témoins (Farrer et al., JAMA 1997), une copie d'ε4 présentait un odds ratio de 3,2 (IC 95% 2,8-3,8) et deux copies 14,9 (10,8-20,6), face à l'ε3/ε3 courant, dans des échantillons caucasiens cliniques et autopsiques. Ce sont des odds mesurés entre cas et témoins, pas votre probabilité de développer la maladie : une étude cas-témoins sélectionne ses cas et ne peut pas l'estimer. La plupart des porteurs d'ε4 ne développent jamais d'Alzheimer.

Comment les deux variantes se combinent

Lisez une ligne par chromosome : un T en rs429358 avec un T en rs7412 donne ε2, un T avec un C donne ε3, un C avec un C donne ε4, et un C avec un T donne ε1, un haplotype quasiment jamais observé. Comme vous avez deux copies du chromosome 19, ce qu'un fichier brut vous montre sont les deux génotypes, et le tableau ci-dessous traduit chaque combinaison en la valeur APOE avec laquelle elle est compatible.

La ligne centrale est le cas limite honnête : rs429358 CT avec rs7412 CT est compatible avec ε2/ε4 et avec ε1/ε3. ε1 étant si rare, cette combinaison est en pratique tenue pour ε2/ε4 — mais c'est une inférence tirée des fréquences alléliques, pas une lecture. Les distinguer exige la phase ou un troisième marqueur, et aucun outil travaillant sur ces deux positions seules ne peut le faire.

Allèle, génotype et risque sont trois choses différentes

Un allèle est une lettre sur un chromosome. Un génotype est la paire que vous portez. Un odds ratio est un rapport mesuré entre deux groupes d'une étude : une statistique sur les personnes qui partagent un génotype, jamais une affirmation sur vous. La distinction compte dès qu'on compare des chiffres. Le 3,2 et le 14,9 ci-dessus sont par génotype : ε3/ε4 et ε4/ε4 face à ε3/ε3, dans une strate d'une étude. Ce que ce rapport calcule est autre chose — les odds ratios par allèle que publient les études individuelles du Catalogue GWAS pour rs429358, regroupés — parmi les études ayant mesuré le même trait, car un variant est étudié pour plusieurs et les mélanger attacherait un seul chiffre au nom de l'un d'eux — par inverse de la variance — chaque étude pèse 1/SE², donc une précise compte plus qu'une imprécise — et utilisés comme poids heuristique interne, non comme estimation validée. La médiane n'est qu'un recours, pour les variantes où aucune étude ne rapporte d'intervalle. Il restreint l'ensemble aux études d'ascendance européenne, ce qui est à la fois l'amélioration et la limite : il cesse de mélanger des strates discordantes, et nous ignorons votre ascendance. Il ne conserve toujours ni âge, ni sexe, ni protocole, et cette catégorie est désormais limitée aux études sur l'Alzheimer lui-même — démence et déclin cognitif y étaient auparavant mélangés, avec des valeurs individuelles allant de moins de 1 (protecteur) à plus de 4. Des chiffres issus de protocoles et de populations différents ne sont pas interchangeables, et aucun n'est votre probabilité personnelle ni une estimation clinique de votre risque.

Deux choses qui changent les lettres sans prévenir

Le brin. rs429358 est rapporté comme T/C sur un brin et comme A/G sur l'autre. Un fichier qui montre AG là où vous attendiez TC peut être le même résultat écrit sur le brin complémentaire — pas un génotype différent. Vérifiez la fiche dbSNP avant de conclure quoi que ce soit.

Le build. La même position est 19:45411941 sur GRCh37 (hg19), qui est le build dans lequel sont écrits les fichiers 23andMe, AncestryDNA et MyHeritage que ce site traite, et 19:44908684 sur GRCh38. Comparer une coordonnée d'un build à un fichier de l'autre est la façon la plus courante de conclure qu'une variante « manque » alors qu'elle est présente.

Si vous avez déjà lu sur les tests ADN grand public, vous avez probablement vu mentionnée la variante rs429358. Elle se situe dans le gène APOE sur le chromosome 19 et, avec une seconde variante rs7412, définit les fameux allèles APOE ε2/ε3/ε4. L'un d'entre eux — ε4 — est le facteur de risque génétique commun le plus fort connu pour la maladie d'Alzheimer à début tardif.

Ce qu'est rs429358, en un paragraphe

APOE code pour l'apolipoprotéine E, une protéine qui transporte le cholestérol dans le cerveau. À la position rs429358, vous portez soit un T, soit un C. Un T à cette position contribue à l'allèle ε2 ou ε3 ; un C contribue à l'ε4. Comme vous avez deux copies du chromosome 19, votre génotype est composé de deux lettres — TT, CT ou CC — et la combinaison avec rs7412 détermine si vous portez zéro, une ou deux copies de l'allèle ε4.

À quel point ces chiffres varient

Le 3,2 et le 14,9 ci-dessus sont une strate d'une méta-analyse, et le même travail montre à quel point l'effet se déplace. Chez les sujets japonais il était plus élevé, pas plus faible : 5,6 (3,9-8,0) pour ε3/ε4 et 33,1 (13,6-80,5) pour ε4/ε4. Dans les échantillons afro-américains et hispaniques l'association avec ε4 était nettement plus faible, avec une hétérogénéité significative entre les études afro-américaines. ε2 va dans l'autre sens : ε2/ε3 présentait un odds ratio de 0,6 (0,5-0,8), la grille ci-dessus mérite donc d'être lue dans les deux sens. Et l'effet d'ε4 est présent entre 40 et 90 ans mais diminue après 70. Tout multiplicateur unique cité pour ε4 est l'un de ces chiffres auquel on a retiré sa strate.

Ce qu'il ne vous dit pas

Un génotype APOE à haut risque n'est pas un diagnostic ni une prédiction. La majorité des porteurs d'ε4 ne développent jamais d'Alzheimer, et de nombreux non-porteurs le développent. Le risque est aussi modulé par d'autres gènes (TREM2, CLU, PICALM, des dizaines d'autres), l'âge, la santé cardiovasculaire, l'éducation, le sommeil et le mode de vie. APOE explique une part significative de la variation entre les personnes, pas le résultat pour une personne donnée.

Et il ne vous donne pas un chiffre transposable. Comme le montrent les données ci-dessus, l'ampleur de l'association varie avec l'ascendance, l'âge, le sexe et le protocole d'étude, et elle ne varie pas dans un seul sens : plus forte dans les échantillons japonais, plus faible dans les échantillons afro-américains et hispaniques. L'essentiel des travaux fondateurs sur APOE a été mené dans des populations d'ascendance européenne : c'est donc la strate d'où viennent les multiplicateurs connus, et l'appliquer à quelqu'un d'autre est une hypothèse, pas un résultat.

Comment vérifier le vôtre

Si vous avez déjà un fichier ADN brut de 23andMe ou AncestryDNA, vous pouvez le téléverser et rs429358 figurera dans la section Alzheimer de votre rapport, avec son odds ratio en langage clair et des liens vers les études évaluées par les pairs qui la soutiennent. Trois choses à savoir d'abord. Nous ne dérivons pas le statut ε2/ε3/ε4 : le rapport rapporte chaque variante séparément, il ne vous dira donc pas quels allèles APOE vous portez. Et rs429358 n'est pas présente sur toutes les versions de puce — si votre fichier ne la contient pas, la section Alzheimer est construite sans sa variante la plus étudiée, et le rapport ne vous avertira pas. Son chiffre de couverture baisse d'une position sur des centaines, ce qui est un fait sur votre fichier et non un jugement : la couverture compte combien de positions étudiées sont présentes, elle ne pèse pas l'importance de celle qui manque, et ce n'est pas un avertissement de fiabilité. Et le rapport n’affiche plus de score, de bande ni de centile pour aucune catégorie : notre propre audit a montré que l’essentiel de l’effet combiné d’une catégorie venait d’études mesurant autre chose que la condition qui la nomme, nous avons donc retiré le chiffre plutôt que d’en publier un que nous ne pouvons pas défendre. Il affiche chaque variante avec le trait mesuré par son étude et son lien — lisez donc le résultat APOE comme l’association décrite plus haut, non comme un multiplicateur personnel.

Si vous préférez ne pas connaître votre statut APOE, c'est un choix légitime — de nombreux cliniciens découragent activement le test sans conseil génétique car l'impact psychologique d'un résultat ε4/ε4 est réel. Notre rapport montre le résultat uniquement à l'intérieur d'une carte rétractable que vous pouvez choisir de ne pas ouvrir.

Questions fréquentes

Pour aller plus loin

• Scores de risque polygénique (PRS) pour non-scientifiques → — APOE ε4 est un effet fort porté par deux variantes ensemble, mais la plupart du risque de maladie est polygénique.
• Notre méthodologie → — comment nous lisons les données GWAS et pourquoi nous ne publions aucun score global.

Et à quoi ressemble rs429358 dans le fichier ? La ligne rs429358 dans un exemple annoté →

Cet article est à but éducatif uniquement et ne constitue pas un avis médical. Si vous avez des inquiétudes concernant le risque d'Alzheimer, consultez un professionnel de santé ou un conseiller génétique.